Evanescence grabó una considerable cantidad de demos y canciones entre los años 2001 y 2002. Muchas de ellas nunca fueron lanzadas oficialmente en ningún disco, aunque después pudieron ser descargadas a través de Internet, ya que esto ha sido permitido por el grupo.13 14 En febrero de 2001, el grupo firmó un contrato con la discográfica Wind-up Records para la grabación de su álbum debut, Fallen, la cual iniciaría en verano del 2002. En noviembre de ese mismo año, tras finalizar la grabación de Fallen, el teclista David Hodges decidió abandonar la banda debido a su intención de orientar la música del grupo a un ámbito cristiano.15Tras retirarse, Hodges creó su propio proyecto de rock cristiano, Trading Yesterday.

Por esa época, Rocky Gray (batería), John LeCompt (segundo guitarrista) y Will Boyd (bajista) pasaron a completar la formación definitiva de la banda. Aunque los dos primeros colaboraron como compositores en dos temas del álbum Fallen, no participaron directamente en las sesiones de grabación. El vídeo del primer sencillo de Evanescence, «Bring Me to Life», fue grabado en Rumania y brindó un gran éxito a la banda y a su discoFallen, que logró vender en solo un año siete millones de copias.16 Fallen fue lanzado el 4 de marzo de 2003 y obtuvo siete discos de platino solo en los Estados Unidos, vendiendo catorce millones de copias en todo el mundo durante 2003 y 2004, y convirtiéndose en uno de los ocho álbumes que ha permanecido más de un año en el top 50 de la revista Billboard.16 Fallen permaneció en el Billboard Top 10 durante 43 semanas8 y ha sido certificado 7x platino.17 Hasta la fecha, Fallen ha vendido más de 17 millones de copias alrededor del mundo.18

Inicialmente promocionada en tiendas cristianas, la banda afirmó que no deseaba ser considerada como parte del género rock cristiano. El presidente de Wind-up Records, Alan Meltzler, emitió un comunicado de prensa en abril de 2003 pidiendo que la música de la banda fuera retirada de los puntos de venta cristianos.19 Durante una entrevista en 2003 con Entertainment Weekly, Moody mostró su descontento por sus altas posiciones en las tablas cristianas. Esto pareció ir en contra de algunas declaraciones que había expresado anteriormente, manifestando su agradecimiento a Dios.20 Esto generó críticas a la banda por parte de la comunidad cristiana.21El gerente de la distribuidora de música cristiana Provident, Terry Hemmings, dijo que la banda estaba al tanto de que el álbum Fallen se vendería en tiendas cristianas.22 El teclista David Hodges dejó la banda tras esa controversia. Cuando la revista Billboard preguntó a Amy Lee en 2006 sobre si la banda era cristiana, ella respondió que todo eso ya había pasado y que era «cosa de Moody».23

Mientras Evanescence promocionaba Fallen, la compañía de videojuegos Nintendo ofreció a la banda el encabezamiento del Nintendo Fusion Tour. Se aceptó la oferta y se convirtieron en la banda principal del Fusion Tour de 2003.24

En contraste con el éxito comercial que experimentaba, la banda sufría una seria crisis interna que comprometió su existencia. Moody, co-fundador del grupo, quien había sido compañero sentimental de Amy Lee durante algunos años, debido a diferencias creativas y constantes rencillas, decidió abandonar repentinamente Evanescence el 22 de octubre del 2003 durante la gira por Europa.25 26 El represante de la banda declaró que el futuro de Moody en relación con la banda no estaba claro.27 26 Aquella no era la primera vez en ese año que Moody tenía problemas, pues en junio de 2003, el grupo tuvo que cancelar una serie de shows en Alemaniadebido a que el guitarrista se enfermó.28 En una entrevista realizada varios meses después, Amy Lee declaró que habían llegado hasta un punto en el cual, si algo no cambiaba, no podrían hacer un segundo álbum.29Lee siguió con el grupo y con el apoyo del resto de los integrantes continuó la gira que realizaban. Evanescence continuó como cuarteto hasta enero de 2004, cuando Terry Balsamo (ex-guitarrista de Limp Bizkit y Cold) fue invitado a unirse al grupo como sustituto de Moody.30